Després de l’entrada en vigor de la Llei del Sector Ferroviari el 2005, el SFF-CGT s’ha enfrontat a dos reptes fonamentals: adaptar la seva estructura a la segregació de l’empresa pública RENFE en dues entitats, RENFE Operadora i ADIF, i seguir donant cobertura als treballadors de les noves empreses ferroviàries que entrin a operar en les infraestructures públiques, als de les empreses vinculades directament a l’activitat ferroviària i als de les nombroses contrates i subcontrates que es mouen en un sector amb una desregulació i una precarietat en constant augment.
Aquest procés d’adaptació organitzativa, que va començar al febrer de 2005 en el IV Congrés Ordinari celebrat a Màlaga amb la creació de dos equips coordinats, ha continuat a Salamanca amb l’estructuració del Sindicat Federal Ferroviari en dues Seccions Sindicals estatals que desenvolupin la seva pròpia acció sindical, estableixin i defensin les seves pròpies reivindicacions i prenguin els seus acords de forma independent, amb el ferm compromís de continuar construint un instrument sindical combatiu, transparent, participatiu i solidari que sigui útil a un espectre molt més ampli de treballadors ferroviaris, construint un ampli sector ferroviari, dintre de la Federació de Transports, que actuï d’ens coordinador de les diferents seccions sindicals.
En el III Congrés Extraordinari del SFF-CGT es va triar un nou Secretariat Permanent i Equip de Coordinació.En el congrés van participar delegacions d’altres empreses ferroviàries (FEVE, Wagons-Lits) i de sindicats d’altres estats amb els quals mantenim des de fa anys relacions de treball (SAC de Suècia, CUB Trasporti d’Itàlia), així com convidats de la Federació Local de Salamanca, de la Confederació de Castella-Lleó i del Comitè Confederal.